不動産を売却を行って売却益が出た場合には確定申告を行う必要があります。借金を返済するためにマイホームを任意売却で売却したとしても同様です。
しかし、任意売却で売却損が発生した場合に確定申告の義務はありませんが、申告をすると税金が帰ってくる可能性があります。

不動産の売却と確定申告
不動産の売却を行った場合、得られた所得は譲渡所得となります。譲渡所得は、譲渡価値すなわち売却した金額から取得費と売却費用を控除して求めることになります。このとき譲渡所得が黒字となれば譲渡所得に課税が行われるため、不動産の売主は所得税を納める必要が生じます。
この税金を確定させるために確定申告を行う必要があります。確定申告とは、毎年2～3月に前年の1月1日から12月31日までの期間における収支を明らかにして所得税を確定させる作業となります。
なお、税法上では売却損が発生して譲渡所得が赤字の場合には確定申告を行わなくても良いことになっています。
しかし、確定申告の義務は無くとも確定申告はしておくことをお勧めします。その理由は、損益通算によって課税所得を減らし納める税金を少なくすることができるためです。

任意売却での売却損
住宅ローンの返済が困難となり、オーバーローンの状態で、やむを得ずマイホームを売却して借入の返済を行う任意売却では通常売却損が発生します。任意売却であっても通常の売却と変わらず、譲渡所得が赤字であれば確定申告によって税金が戻ってくる可能性があります。
また、単年度の他の所得によって売却損を控除しきれない場合は、３年に渡って繰り越して損益通算をすることができます。

譲渡所得が黒字になってしまった場合
任意売却を行った結果、思わぬ高額で売却出来てしまい売却損が発生せずに黒字が出てしまった場合にはどうなるのでしょうか。
譲渡所得が黒字であれば、任意売却でも基本的には所得税が発生することになります。住宅ローンの返済だけであれば、売却して得た金額から支払えば足りることになるかと思いますが、他の借金の返済も行うということとなると、全て借金の返済に充てられ手元に残らずとも所得税は発生するという状況になりかねません。
しかし、実際のところはマイホームの売却であれば3000万円の特別控除が適用されるなどして、税金が発生しないケースが殆どとなります。また、この他にも「資力喪失」に当たると判断されれば譲渡所得が非課税となります。
非課税所得となるための条件などは、厳格に適用されるため、適用を受けられるかどうかの確認に当たっては専門家に相談されることをお勧めします。